Projekt nowelizacji, przygotowany w Ministerstwie Infrastruktury, zakłada likwidację dotychczasowego, ogólnego zwolnienia z CIT dla podmiotów zarządzających portami i wprowadzenie mechanizmu, w którym korzyść podatkowa będzie przyznawana wyłącznie po udokumentowaniu rzeczywistych wydatków w danym roku podatkowym.
Zgodnie z projektem, wydatki zostaną podzielone na dwie kategorie – działalność niegospodarczą i gospodarczą – przy czym każda z nich będzie objęta odmiennymi zasadami wsparcia i limitami pomocy publicznej.
Działalność niegospodarcza, obejmująca kontrolę i bezpieczeństwo ruchu morskiego, rozwój ogólnodostępnej infrastruktury poza terenem portu oraz ochronę przeciwpożarową, ma być zwolniona w wysokości 100 % poniesionych kosztów.
Działalność gospodarcza, czyli budowa, wymiana i modernizacja infrastruktury portowej oraz infrastruktury zapewniającej dostęp do portów, będzie podlegała zwolnieniu w ramach limitów określonych w odpowiednim unijnym rozporządzeniu o pomocy publicznej.
Projekt wprowadza także procedurę weryfikacji ex post: po zakończeniu roku podatkowego podmioty będą musiały przedłożyć dyrektorowi urzędu morskiego szczegółową ewidencję, sprawozdanie finansowe, opinię biegłego rewidenta oraz zeznanie CIT. Na ich podstawie dyrektor wyda decyzję potwierdzającą prawidłowość zwolnienia lub nakaz zwrotu nienależnej pomocy publicznej.
Zmiany mają na celu dostosowanie polskiego systemu podatkowego do wymogów Unii Europejskiej. Komisja Europejska od 2013 roku prowadzi dochodzenie w sprawie opodatkowania podmiotów zarządzających portami i uznała dotychczasowe zwolnienie za niezgodne z zasadami rynku wewnętrznego, wzywając Polskę do jego usunięcia.
Nowy mechanizm ma wejść w życie z dniem 1 stycznia 2027 roku, co ma zapewnić większą przejrzystość wydatkowania środków publicznych i ograniczyć ryzyko konieczności zwrotu pomocy niezgodnej z unijnymi przepisami.