Najważniejszą zasadą jest używanie wyłącznie zdrowych roślin. Krzaki pozbawione plam, nalotów, gnicia i objawów chorób mogą stać się cennym surowcem organicznym, natomiast te zaatakowane zarazą ziemniaczaną, mączniakiem lub fuzariozą należy usunąć z ogrodu, by nie przenieść patogenów na kolejne uprawy.
Kompostowanie to najprostszy sposób na zagospodarowanie zdrowych resztek. Pędy i liście pomidorów są bogate w azot i minerały, więc po rozdrobnieniu sekatorem lub rozdrabniaczem warto je wymieszać z suchymi materiałami, takimi jak liście, trociny czy drobno posiekana tektura, aby zapewnić dobrą cyrkulację powietrza i przyspieszyć rozkład.
Alternatywnie pocięte pędy można rozłożyć jako jesienną ściółkę. Warstwa o grubości 3–5 cm na pustych grządkach lub wokół krzewów owocowych ogranicza wypłukiwanie składników odżywczych, chroni glebę przed przemarzaniem i stopniowo przekształca się w materię organiczną, którą wiosną można włączyć do gleby.
Z liści i zielonej masy pomidorów można przygotować naturalny wyciąg przeciw szkodnikom. Wystarczy rozdrabnić około kilograma zielonych części, zalać 10 litrów ciepłej wody i pozostawić w cieniu na 24 godziny. Po przefiltrowaniu uzyskany preparat, używany bez rozcieńczania, działa przeciwko mszycom, przędziorkom, mączlikom oraz gąsienicom bielinka kapustnika.